Masjid Agung Keraton Jogjakarta didirikan semasa pemerintahan Sultan Hamengku Buwana I. Masjid ini didirikan di pusat kerajaan dengan perencanaan ruang kota didasarkan pada konsep taqwa, yaitu komposisi ruang luarnya dibentuk dengan batas-batas berupa penempatan lima masjid kasultanan, di empat buah mata angin, dengan Masjid Agung sebagai pusatnya. Bangunan Masjid Agung Keraton Jogjakarta berada di areal seluas kurang lebih 13.000 meter persegi. Pendirian masjid Agung sendiri atas prakarsa dari Kiai Pengulu Faqih Ibrahim Dipaningrat, untuk pelaksanaannya ditangani oleh Tumenggung Wiryakusuma, seorang arsitek keraton. Pembangunan masjid dilakukan secara bertahap, Tahap pertama adalah pembangunan bangunan utama masjid. Tahap kedua adalah pembangunan serambi masjid. Setelah itu dilakukan penambahan-penambahan bangunan lainnya. Bangunan Masjid Agung terdiri dari beberapa ruang antara lain halaman masjid, serambi masjid, dan ruang utama masjid. Dengan lima buah pintu yang dapat digunakan untuk memasuki halaman masjid. Dua buah pintu terletak di sisi utara dan selatan. Sedangkan pada sisi timur terdapat sebuah pintu tersebut berfungsi sebagai pintu gerbang utama. Sejak dahulu hingga sekarang Masjid Agung Keraton Jogjakarta selain untuk tempat peribadatan umat Islam secara umum juga digunakan sebagai tempat penyelenggaraan upacara-upacara adat Keraton Jogjakarta.